Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di UNP merupakan sistem yang berjenjang. Penjaminan mutu tingkat universitas dilaksanakan oleh Rektor/Wakil Rektor dan dibantu oleh Pusat Penjamin Mutu yang berada dibawah lembaga pengembangan pembelajaran dan penjaminan mutu (LP3M) Universitas Negeri Padang. Unsur organisasi penjaminan mutu di tingkat FMIPA dilaksanakan oleh Dekan/Wakil Dekan dan dibantu Gugus Penjamin Mutu (GPM) . Sedangkan, organisasi penjaminan mutu di tingkat Jurusan/Program Studi terdiri dari pimpinan jurusan/program studi dan dibantu oleh Unit Penjamin Mutu (UPM). GPM dan UPM yang dipilih melalui seleksi dan ditunjuk berdasarkan Surat Keputusan Rektor UNP setiap tahunnya. Kegiatan sistem penjaminan mutu internal yang dilaksanakan di Universitas/Fakultas/Program Studi mengacu pada pola Penetapan Standar Mutu, Pelaksanaan, Evaluasi Standar Mutu, Pengendalian Standar Mutu, dan Peningkatan Standar Mutu (PPEPP).